Отсутствие внятной официальной версии и объективных доказательств породило целый ряд предположений и неофициальных версий гибели Гагарина и Серёгина. Эта тема продолжает волновать умы до сих пор. Среди таких альтернативных, противоречащих официальным утверждениям и источникам, версий есть как версии о гибели в ходе того же тренировочного полёта, так и совершенно иные версии, оспаривающие гибель и имеющие политическую подоплёку.
Очень полюбилась широким массам трудящихся версия о том, что Гагарин с Серёгиным перед полётом выпили по стакану водки. По официальным источникам эта версия опровергается заключением о том, что алкоголь в крови обоих пилотов обнаружен не был.
Также существуют утверждения, что у Гагарина возник конфликт с высшим руководством страны. После этого, по одним версиям, была организована гибель Гагарина, по другим — официально объявленная катастрофа была фальсификацией, а Гагарин был тайно арестован спецслужбами и после небольшой пластической операции на лице помещён в одну из провинциальных психиатрических больниц.
Ещё одни предположения гласят, что Гагарин сам подстроил катастрофу, сымитировав свою смерть, после чего ещё много лет прожил под чужим именем в посёлке в Оренбургской области, где погиб в результате несчастного случая на охоте уже весьма пожилым человеком.
Ещё одна конспирологическая версия о малом «советском лунном заговоре» содержит обоснования и некоторые аргументы того, что Гагарин погиб не в ходе тренировочного полёта на учебном самолёте, а несколькими днями ранее на новом космическом корабле советской лунно-облётной программы.

\